Comme à chaque GDC, les Games Developers Choice Awards ont été attribués aux jeux marquants de l'année écoulée. Dont Phantom Hourglass.
On se souvient que Twilight Princess avait l'année passée reçu une récompense au cours de la même cérémonie ; c'est à présent au tour de Phantom Hourglass de repartir avec un award, en l'occurence celui du meilleur jeu portable. Un prix pas forcément surprenant, la concurrence étant ce qu'elle est, mais tout de même gratifiant pour Eiji Aonuma et son équipe ; la récompense est en effet remise, comme son nom l'indique, par des développeurs de jeux vidéo.